甲午一战清军战败。此战，标志着清政府苦心经营三十余年的“洋务运动”彻底破产 ，也昭示着李秉衡悲剧生涯的开始。可以说，自甲午战争之后，李秉衡的仕途屡遭不顺，先是在山东任上经历“巨野教案”，接着又逢德军强占青岛，1900年重新出山就发生庚子国变。
李秉衡最后是自杀身亡的。他的死，和大清国江河日下的局势是一致的，国将不国 ，身为人臣，也难逃悲剧的命运了。
估算胶州湾军事建设经费 甲午海战之后，李秉衡虽因举措乖张，饱受时人诟病，但依然在山东巡抚任上，并未遭到撤职。他仍是个能吏，且兢兢业业不输往日。他的努力，包括扩建山东机器局，新建洋式大枪厂，并在济南无影山一带建立了20座军火库。
在山东的这些年，李秉衡对青岛的发展也颇为用心。青岛作家李明曾撰有《青岛过客》一文，其中记载了李秉衡参与青岛军事建设的事迹。1892年，总理衙门大臣恭亲王在一份上奏中，建议在胶州湾建立一个造船厂，设立船坞和大仓库以及停泊船舰等。在皇帝批准该计划后，李秉衡受命进行军事建设经费估算。1897年5月，李秉衡把估算结果交给了一个被派往青岛的朝廷调查团。李秉衡提供了三个费用不同的方案：两个费用巨大的计划需350至500万两白银，包括购买大炮和建造一个现代化的造船厂。比较节省的方案需150万两白银，包括购买新式大炮和建造停船位和煤库。值得注意的是，尽管认为第一种方案更理想，李秉衡还是从尴尬的财政状况考虑，倾向于最后一种方案。通过对李秉衡书信的解读，有学者认为，胶州湾自强计划的主要障碍，实质上并不是保守派官员的反对或者对现代化的普遍无知，而是国家财政的短缺。
但他的努力于国运无补，在山东任上的最后一年，李秉衡开始遇到麻烦，这也是他人生不顺的开始。光绪二十三年(1897年11月1日)，两名德国传教士在山东曹州府巨野县张家庄被大刀会所杀，这一事件就是在中国近代史上有名的“巨野教案”(又名“曹州教案”)。巨野教案的发生，从根本上说，源于中西方的民族矛盾 ，大量的外国传教士游荡在中国乡村，他们有的行为不检点，受到老百姓的敌视。教案发生在一个下雨的夜晚，十多人手持短刀跳进张家庄教堂，两个德国人毙命：一个是在阳谷传教的能方济，一个是在郓城传教的韩·理加略。两人赴兖州参加“诸圣瞻礼”返程借宿，德国神甫薛田资让出宿舍供客人暂住，自己住在院门耳房侥幸躲过杀身之祸。薛田资连夜跑到县城告官，消息很快被中、德两国的高层知晓。
李秉衡起初有可能试图压制这一危险新闻的扩散。因为教案发生不久，11月7日，先是德国驻华公使海靖照会总理衙门，告知曹州教案事。8日，出使德国大臣许景澄亦致电总理衙门称确有此事。到了9日，李秉衡才电告总理衙门：巨野发生杀教士事件。李秉衡发电的第二天，清政府就意识到大事不妙，在谕旨中含蓄地对李秉衡进行了责备：“曹州杀毙洋人一案，前据德使及许景澄先后电报，今始据李秉衡电复，已属迟延。”并敏锐地指出此事隐藏的巨大危险：“现在德国方图借海口，此等事适足为借口之资，恐生他衅。”这最后一句话说的很明白了，德国人有可能利用此事做借口，抢占中国沿海港口，那就是青岛。
意识到事态不妙的李秉衡迅速派臬司毓贤和兖沂曹济道锡良驰往查办，在巨野大肆捕人。据薛田资记载，“大约有50人”被抓，其中一部分很快被释放，一部分则被严刑拷打致死，还有的死于牢房里的传染病。至16日，案件告破，7人被判罪，其中2名被杀，另外5人被判无期徒刑。清政府虽采取了保教、“惩凶”等措施，企图以此取得德国的谅解。但德国人会答应吗?明显不会。
青岛被占后，力主对德决战 曹州教案发生后，11月6日德皇得到消息，额首称庆，他终于找到侵占胶州湾的借口。于是，威廉二世命令他的远东舰队“立即开往胶州湾，占领该地，并威胁报复，积极行动。”11月13日，德国军舰进入胶州湾。
镇守青岛的是胶澳总兵章高元，李秉衡早就觉得他不是能战之士。为防万一，李秉衡曾于11月9日向朝廷密参了他一本。在这份名为《奏密参登州镇总兵章高元折》中，李秉衡首先指出了青岛的重要性：“窃查东省胶澳地方，管南北洋之枢，最称险要。近奉旨中国自建船澳，而夷船之进澳游弋者，犹络绎不绝，无非以地居形势，各怀窥伺之心。全赖镇守斯地者，修明武备，辑睦军心，俾外人有不敢轻量之意。”接下来，他指出了章高元的问题：“兹查统带胶州海防营登州镇总兵章高元，习气太深，利心太重，在任年久，骄恣日形。臣稔知其痼习难除，缓急断不可恃……近闻其所统各营，每营月扣津贴银一百两。又索取空额二十余名，统领责之营官，营官复取之弁勇，层层剥削 ，必至士卒解体。且复性耽曲蘖，日在醉乡。更纵容其子，招权纳贿，营务大不可问。经海疆重要之地，似此贪劣将领久厕其间，隳军实而启戎心，关系大局匪浅……章高元在防愈久，积弊愈深，其贪戾恣睢。久为众所共悉。惟该总兵平日喜结纳，延声誉。故不知者或犹有恕辞。臣三年中详细访查。实见其贪黩性成，不堪任用。”
李秉衡的密奏一点不错，这个章高元曾抗击入侵台湾法军，作战英勇，后来却成怯懦之辈。此折上奏不到一周时间，即当年11月14日，德国海军陆战队720人就在青岛登陆。当时，章高元的士兵有3000余名，不战而退，丢失胶澳防地。李秉衡为此大为光火，即电章高元：“德棣提督借端寻衅，断非口舌所能了。尊处四营，务须坚谕勿动。”与此同时，他一方面电奏朝廷，主张“非与之决战不可”，另一方面玩真的，着手调兵退敌。
朝廷知道李秉衡要动手，赶忙叫停。李明在《青岛过客》中这样描述当时的情况：15日，朝廷旨电李秉衡称：“德国图占海口，蓄谋已久。此时将借巨野一案而起，度其情势，万无遽行开仗之理。唯有镇静严扎，任其恫喝，不为之动，断不可先行开炮，衅自我开。”17日，清廷再次旨电问责：“敌情虽横，朝廷断不动兵。此时办法，总以杜后患为主。若轻言决战，致启兵端，必至掣动海疆，贻误大局，试问将来如何收束?”但李秉衡此次似乎真的动了肝火，非要拿回青岛不可，他即日复电北京，言辞激烈：“德借口巨野教案为词，此案已派司道大员查办，获盗四名，续又获盗五名，认真办理，不为不力。而德人当此案一出，不待查办，即称兵占地，任意欺凌。现在教堂布满天下，一处如此，他处效尤，中国何以自立?”李秉衡说得很明白，真可谓苦口婆心。在这份电报中，李秉衡还弹劾章高元，要求朝廷对其擅自退兵予以惩罚。如此，一味言战的李秉衡，却被认定“不喜谈洋务 ，深恐办理未能妥协”。这个山东巡抚，旋即被张汝梅替代。
抗击列强，吞金殉国 可德国人并不罢休，在胶州湾事件最初的谈判中，德国公使海靖提出的六款要求之一，就有“山东巡抚李秉衡革职，永不叙用。”对此，朝廷虽称“此等事总由中国作主”，而实际上还是将李秉衡降两级调用。于是，李秉衡这个棋子就彻底成为了牺牲品。历经数次宦海沉浮的李秉衡，按理说应该渐渐淡出政坛才对，可他始终不悔。因对德国态度强硬，他被革了职，隐居河南安阳。两年之后，庚子国变，八国联军侵华，他再度卷入战火，这是他参与的第三场中外战争，也是最后一次。
当时八国联军已经逼近北京，李秉衡率军进京勤王，时年七十。据《炎黄春秋》载魏文华《列强畏忌的清末刚烈名臣李秉衡》一文称，李秉衡1900年7月27日抵达京都，奔波十日，仅凑起一支500人的亲兵和幕僚，于8月6日誓师出征。可是到京东，想与几个带兵的将领宋庆、马玉昆等开个军事会议都无人听令，名义上拨归他指挥的四个总兵也都不知去向。他在羊房拦住从山东来的旧部夏辛酉军，马上组织起这支部队与八国联军的前锋部队打了一仗，并将敌击退。但因为没有援军，夏辛酉军也被迫后撤。李秉衡看见大势已去，决心以身殉国。部队退到通州张家湾后，李秉衡停下来，写了一份揭劾诸将不听调度的“遗疏”，对儿子说：“你留下给我收尸，但不许从殉，从殉无益，是大不孝也！”随后吞金自尽，临死前对留在他身边的幕僚和家人说：“我这一次北上勤王，明知是自投罗网，但却没有想到世事如此沧桑冷漠。我明知有陷坑，而鼓勇上前自陷此坑，是为国家争一口气而已。我死不足惜，可叹国事不知会落到什么地步，我也顾不得了。张家湾是我的最后归宿地，诸君各自为计，自投生路去吧！”
李秉衡死后，有幕客3人从殉。一为编修王廷相，先已放山西学政，在京中因为景仰李秉衡的为人，带着儿子一同参加李军，始终不愿离去，看着李秉衡气绝后，父子二人携手同时投河自尽；另一人为汉军旗世袭子爵叶钟祺，帮助李秉衡的儿子李可亭把老人的尸体运回河南安阳城西原隐居处安葬后，上吊自缢以殉李公。
察李秉衡为人，生前纵有诸多是是非非，引来后人指摘。但临难不屈，以死报国，单说这点，又有几人能做到呢? 特约撰稿 田野
（来源：半岛网-城市信报）
